Zu Beginn des 6. Jh. erschien, von Poitiers kommend, der nach der Überlieferung aus Irland stammende hl. Fridolin als erster Missionar in alemannischen Landen. Er erbaute zu Säckingen auf einer Insel im Rhein Kirche und Kloster zu Ehren des hl. Hilarius, das Ausgangspunkt der Christianisierung wurde. Die aus dieser Gründung eines Doppelklosters hervorgehende Frauenabtei (später adliges Damenstift mit Kanonikern), das älteste Kloster Alemanniens, wurde Hüterin des Grabes des Heiligen und seines Vermächtnisses.
Als königseigenes Kloster unter den Karolingern zählte die Abtei im 9. Jh. Angehörige des königlichen Hauses zu ihren Äbtissinnen, so die hl. Richardis, der 878 ihr Gemahl, Kaiser Karl III., das Kloster übergab. Als Reichskloster erfüllte die Abtei mit ihrem ausgedehnten Klosterstaat, der mit Besitzungen am oberen Zürichsee und dem Tal Glarus weit in die Nordostschweiz hineinreichte, auch eine politische Funktion in der südwestdeutschen Reichspolitik des Hochmittelalters. In jenen Jahrhunderten erlebte das Stift seine Hochblüte. Töchter aus den Familien des südwestdeutschen und burgundischen Hochadels bildeten den Konvent, dessen Äbtissin 1307 in den Reichsfürstenstand erhoben wurde.
Auf der Rheininsel, auf der das Kloster lag, entstand aus einer klösterlichen Marktgründung des 11. oder 12. Jh. auch die Stadt Säckingen. Während im Spätmittelalter die abgelegenen Besitzungen entfremdet wurden und das Tal Glarus sich 1395 loskaufte, konnte das Stift in der umgebenden Landschaft, im Rheintal, auf dem westlichen Hotzenwald und vor allem im links- rheinischen Fricktal einen ansehnlichen geschlossenen Besitzstand bis zu seiner Aufhebung halten. Plünderungen und Zerstörungen erlebte es während des Dreißigjährigen Krieges und in den nachfolgenden deutsch-französischen Kriegen, aus denen es sich im 18. Jh. wieder erholte. In der Säkularisation wurde das Stift 1806 aufgehoben; seine Besitzungen gingen an den badischen Staat über.
Die ehem. Stiftsgebäude bilden eine uneinheitliche Gruppe verschiedener Häuser, die auf der Ost- und Südseite das Münster bis zum Rhein hin flankieren, unter denen lediglich die einstigen Residenzgebäude der Fürstäbtissinnen, das 1575 erbaute Abteigebäude (späteres Landratsamt) und der "Alte Hof" (hinter der Kirche) als mittelalterlicher Äbtissinnensitz, besondere Akzente setzten. Neben diesem verhältnismäßig bescheidenen profanen baulichen Vermächtnis hebt sich um so eindrucksvoller der monumentale Bau des Münsters ab, mit dem sich das Stift sein großes architektonisches Denkmal setzte.
